计算机工程系下设计算机科学与技术教研室和网络工程教研室。承担计算机科学与技术专业、网络工程专业的建设与管理工作。承担机械工程学院5个专业、电气与能源工程学院5个专业的计算机基础教学任务。由具有不同职称结构，以中青年教师为主的教学与科研梯队组成，自有专任教师31人，其中教授正高3人、副高9人、讲师14人、助教（硕士）5人。具备坚实的教学理论和专业实践能力，具有丰富的教学经验和计算机软硬件开发设计经验。
计算机工程系承担的主要教学课程有：C语言程序设计、计算机数字逻辑、微机原理、离散数学、计算机组成原理、计算机网络、计算机导论、计算机体系结构、计算机接口技术与应用、嵌入式系统开发与应用、Linux操作系统、Linux应用及开发、Linux驱动开发、单片机开发技术、网络工程导论、路由与交换技术、网络综合布线、计算机网络管理与维护、移动通信技术应用、移动网络测试优化、信息与网络安全、网络测试与故障诊断、网络优化工具使用、职业素养与新技术讲座、专业综合实践等课程。所有课程都将相关技术和实际应用相结合，并着重对创新能力和动手能力的开发。
计算机工程系已配备了较先进的实验设备和较完善的实验场所，建有硬件基础实验室、计算机组成实验室、嵌入式实验室、网络实验室、微机原理实验室、物联网实验室、网络优化实验室、软件实验室、虚拟现实实验室、图形图像实验室、移动应用开发实验室等，同时还配套建设了较为完善的信息化教学平台、辅助教学软件，为学生的教学、实验、实训等提供保障。
近年来，在计算机工程系全体教师的共同努力下，在教科研成果和学生竞赛方面取得了一些成绩。目前已完成校级以上教科研课题25项，在研市厅级项目9项、校级项目8项，在省级以上刊物上发表教研论文、专业学术论文70余篇。教师指导学生参加省市级以上各级各类竞赛获奖百余项。
2021年计算机科学与技术本科专业首届毕业生中有多人被南通大学、华北理工大学、江西财经大学、盐城师范学院等录取为研究生，有1人进入政府机关和事业单位工作。学生毕业进入凌志软件、易宝、海融等企业就业，学生高质量高薪就业得到社会和用人单位的认可和好评。